Durante este período, é proibida a presença de plantas vivas de soja no Estado. Os produtores rurais que descumprirem o prazo pagarão multa de 30 Unidades Padrão Fiscal (UPF’s-Mato Grosso), mais 2 UPFs por hectare de planta não eliminada. O vazio segue a Instrução Normativa Conjunta nº 002/2015, entre a secretaria de Desenvolvimento Econômico e o Instituto de Defesa Agropecuária do Estado de Mato Grosso. De acordo com o Indea, na safra 2017/18 foram cadastradas 11.787 fazendas.

Durante estes 90 dias, além de não poder haver plantas vivas de soja, as guaxas (germinação voluntária), também é considerado proibido pelo Indea o plantio da soja, cabendo multa a quem infringir a norma.

O período do vazio sanitário foi instituído em Mato Grosso como medida fitossanitária em 2006. O objetivo da medida é reduzir a sobrevivência do fungo causador da ferrugem-asiática, Phakopsora pachyrhizi, na entressafra e assim atrasar a ocorrência da doença durante a safra.

Ao eliminar as plantas de soja na entressafra “quebra-se” o ciclo do fungo, reduzindo assim a quantidade de esporos presentes no ambiente.

A ferrugem asiática da soja provoca a desfolha precoce da planta, impedindo a completa formação dos grãos, o que gera redução na produtividade, sendo considerada uma doença que causa impactos econômicos.